- PacBio (C++ type), [1], [2]
- PacBio::BAM (C++ type), [1], [2]
- PacBio::BAM::Accuracy (C++ class)
- PacBio::BAM::Accuracy::Accuracy (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::Accuracy::MAX (C++ member)
- PacBio::BAM::Accuracy::MIN (C++ member)
- PacBio::BAM::Accuracy::operator float (C++ function)
- PacBio::BAM::Accuracy::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::Accuracy::~Accuracy (C++ function)
- PacBio::BAM::ADAPTER (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ADAPTER_AFTER (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ADAPTER_BEFORE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ALIGNMENT_MATCH (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::AlignmentPrinter (C++ class)
- PacBio::BAM::AlignmentPrinter::AlignmentPrinter (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::AlignmentPrinter::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::AlignmentPrinter::Print (C++ function)
- PacBio::BAM::AlignmentPrinter::~AlignmentPrinter (C++ function)
- PacBio::BAM::AlignmentSet (C++ class)
- PacBio::BAM::AlignmentSet::AlignmentSet (C++ function)
- PacBio::BAM::ALT_LABEL (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ALT_LABEL_QV (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ASCII_CHAR (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ASYMMETRIC (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BaiIndexedBamReader (C++ class)
- PacBio::BAM::BaiIndexedBamReader::BaiIndexedBamReader (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BaiIndexedBamReader::Interval (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BaiIndexedBamReader::ReadRawData (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile (C++ class)
- PacBio::BAM::BamFile::BamFile (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamFile::CreatePacBioIndex (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::CreateStandardIndex (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::EnsurePacBioIndexExists (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::EnsureStandardIndexExists (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::Filename (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::FirstAlignmentOffset (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::HasEOF (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::HasReference (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::Header (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::IsPacBioBAM (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamFile::PacBioIndexExists (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::PacBioIndexFilename (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::PacBioIndexIsNewer (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::ReferenceId (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::ReferenceLength (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamFile::ReferenceName (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::StandardIndexExists (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::StandardIndexFilename (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::StandardIndexIsNewer (C++ function)
- PacBio::BAM::BamFile::~BamFile (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader (C++ class)
- PacBio::BAM::BamHeader::AddComment (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::AddProgram (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::AddReadGroup (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::AddSequence (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::BamHeader (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::BamHeader::ClearComments (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::ClearPrograms (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::ClearReadGroups (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::ClearSequences (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::Comments (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamHeader::DeepCopy (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::HasProgram (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::HasReadGroup (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::HasSequence (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::NumSequences (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::operator+ (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::operator+= (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamHeader::PacBioBamVersion (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamHeader::Program (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::ProgramIds (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::Programs (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamHeader::ReadGroup (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::ReadGroupIds (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::ReadGroups (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamHeader::Sequence (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamHeader::SequenceId (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::SequenceLength (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::SequenceName (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::SequenceNames (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::Sequences (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamHeader::SortOrder (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamHeader::ToSam (C++ function)
- PacBio::BAM::BamHeader::Version (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamHeader::~BamHeader (C++ function)
- PacBio::BAM::BamReader (C++ class)
- PacBio::BAM::BamReader::BamReader (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamReader::Bgzf (C++ function)
- PacBio::BAM::BamReader::File (C++ function)
- PacBio::BAM::BamReader::Filename (C++ function)
- PacBio::BAM::BamReader::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::BamReader::Header (C++ function)
- PacBio::BAM::BamReader::ReadRawData (C++ function)
- PacBio::BAM::BamReader::VirtualSeek (C++ function)
- PacBio::BAM::BamReader::VirtualTell (C++ function)
- PacBio::BAM::BamReader::~BamReader (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord (C++ class)
- PacBio::BAM::BamRecord::AlignedEnd (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::AlignedStart (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::AlignedStrand (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::AltLabelQV (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::AltLabelTag (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::BamRecord (C++ function), [1], [2], [3], [4]
- PacBio::BAM::BamRecord::BarcodeForward (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::BarcodeQuality (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::BarcodeReverse (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::Barcodes (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::CigarData (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::Clip (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::Clipped (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::DeletionQV (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::DeletionTag (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::EncodePhotons (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::FullName (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasAltLabelQV (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasAltLabelTag (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasBarcodeQuality (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasBarcodes (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasDeletionQV (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasDeletionTag (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasHoleNumber (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasInsertionQV (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasIPD (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasLabelQV (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasLocalContextFlags (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasMergeQV (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasNumPasses (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPkmean (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPkmean2 (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPkmid (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPkmid2 (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPreBaseFrames (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPrePulseFrames (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPulseCall (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPulseCallWidth (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPulseExclusion (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPulseMergeQV (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasPulseWidth (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasQueryEnd (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasQueryStart (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasReadAccuracy (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasScrapRegionType (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasScrapZmwType (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasSignalToNoise (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasStartFrame (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasSubstitutionQV (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::HasSubstitutionTag (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::Header (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::header_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BamRecord::HoleNumber (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::Impl (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::InsertionQV (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::IPD (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::IPDRaw (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::IsMapped (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::LabelQV (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::LocalContextFlags (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::Map (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::Mapped (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::MapQuality (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::MergeQV (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::MovieName (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::NumDeletedBases (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::NumInsertedBases (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::NumMatches (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::NumMatchesAndMismatches (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::NumMismatches (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::NumPasses (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::photonFactor (C++ member)
- PacBio::BAM::BamRecord::Pkmean (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamRecord::Pkmean2 (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamRecord::Pkmid (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamRecord::Pkmid2 (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamRecord::PreBaseFrames (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::PrePulseFrames (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::PulseCall (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::PulseCallWidth (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::PulseExclusionReason (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::PulseMergeQV (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::PulseWidth (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::PulseWidthRaw (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::Qualities (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::QueryEnd (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::QueryStart (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::ReadAccuracy (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::ReadGroup (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::ReadGroupId (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::ReadGroupNumericId (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::ReferenceEnd (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::ReferenceId (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::ReferenceName (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::ReferenceStart (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::ResetCachedPositions (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::ScrapRegionType (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamRecord::ScrapZmwType (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamRecord::Sequence (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::SignalToNoise (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::StartFrame (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::SubstitutionQV (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::SubstitutionTag (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecord::Type (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::UpdateName (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecord::~BamRecord (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder (C++ class)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::BamRecordBuilder (C++ function), [1], [2], [3], [4]
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::Bin (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::Build (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::BuildInPlace (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::Cigar (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::Flag (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::InsertSize (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::MapQuality (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::MatePosition (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::MateReferenceId (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::Name (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::Position (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::Qualities (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::ReferenceId (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::Reset (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::Sequence (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetDuplicate (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetFailedQC (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetFirstMate (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetMapped (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetMateMapped (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetMateReverseStrand (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetPaired (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetPrimaryAlignment (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetProperPair (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetReverseStrand (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetSecondMate (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::SetSupplementaryAlignment (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::Tags (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordBuilder::~BamRecordBuilder (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl (C++ class)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::AddTag (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::AlignmentFlag (C++ type)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::BamRecordImpl (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::Bin (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::CigarData (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::DUPLICATE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::EditTag (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::FAILED_QC (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::Flag (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::HasTag (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::InsertSize (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsDuplicate (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsFailedQC (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsFirstMate (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsMapped (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsMateMapped (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsMateReverseStrand (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsPaired (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsPrimaryAlignment (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsProperPair (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsReverseStrand (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsSecondMate (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::IsSupplementaryAlignment (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::MapQuality (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::MATE_1 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::MATE_2 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::MATE_REVERSE_STRAND (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::MATE_UNMAPPED (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::MatePosition (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::MateReferenceId (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::Name (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::PAIRED (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::Position (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::PROPER_PAIR (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::Qualities (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::ReferenceId (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::RemoveTag (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::REVERSE_STRAND (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SECONDARY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::Sequence (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SequenceLength (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetDuplicate (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetFailedQC (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetFirstMate (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetMapped (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetMateMapped (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetMateReverseStrand (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetPaired (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetPreencodedSequenceAndQualities (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetPrimaryAlignment (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetProperPair (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetReverseStrand (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetSecondMate (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetSequenceAndQualities (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SetSupplementaryAlignment (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::SUPPLEMENTARY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::Tags (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::TagValue (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::UNMAPPED (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamRecordImpl::~BamRecordImpl (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView (C++ class)
- PacBio::BAM::BamRecordView::AltLabelQVs (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::AltLabelTags (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::BamRecordView (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::DeletionQVs (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::DeletionTags (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::InsertionQVs (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::IPD (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::LabelQVs (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::MergeQVs (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::Pkmean (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::Pkmean2 (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::Pkmid (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::Pkmid2 (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::PrebaseFrames (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::PrePulseFrames (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::PulseCalls (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::PulseCallWidth (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::PulseMergeQVs (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::PulseWidths (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::Qualities (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::Sequence (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::StartFrames (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::SubstitutionQVs (C++ function)
- PacBio::BAM::BamRecordView::SubstitutionTags (C++ function)
- PacBio::BAM::BamTagCodec (C++ class)
- PacBio::BAM::BamTagCodec::Decode (C++ function)
- PacBio::BAM::BamTagCodec::Encode (C++ function)
- PacBio::BAM::BamTagCodec::FromRawData (C++ function)
- PacBio::BAM::BamTagCodec::TagTypeCode (C++ function)
- PacBio::BAM::BamTagCodec::ToRawData (C++ function)
- PacBio::BAM::BamWriter (C++ class)
- PacBio::BAM::BamWriter::BamWriter (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamWriter::BestCompression (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::BinCalculation_OFF (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::BinCalculation_ON (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::BinCalculationMode (C++ type)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel (C++ type)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel_0 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel_1 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel_2 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel_3 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel_4 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel_5 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel_6 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel_7 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel_8 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::CompressionLevel_9 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::DefaultCompression (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::FastCompression (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::NoCompression (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BamWriter::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BamWriter::TryFlush (C++ function)
- PacBio::BAM::BamWriter::Write (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::BamWriter::~BamWriter (C++ function)
- PacBio::BAM::BARCODE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BARCODE_AFTER (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BARCODE_BEFORE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData (C++ class)
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData::BarcodeLookupData (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData::BC_FORWARD (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData::BC_QUALITY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData::BC_REVERSE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData::bcForward_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData::bcQual_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData::bcReverse_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData::Field (C++ type)
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData::Indices (C++ function)
- PacBio::BAM::BarcodeLookupData::IndicesMulti (C++ function)
- PacBio::BAM::BarcodeModeType (C++ type)
- PacBio::BAM::BarcodeQualityType (C++ type)
- PacBio::BAM::BarcodeQuery (C++ class)
- PacBio::BAM::BarcodeQuery::BarcodeQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::BarcodeQuery::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::BarcodeQuery::~BarcodeQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::BarcodeSet (C++ class)
- PacBio::BAM::BarcodeSet::BarcodeSet (C++ function)
- PacBio::BAM::BaseFeature (C++ type)
- PacBio::BAM::BasicLookupData (C++ class)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::ApplyOffsets (C++ function)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::BasicLookupData (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::BasicLookupData::CONTEXT_FLAG (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::ctxtFlag_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::Field (C++ type)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::fileOffset_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::holeNumber_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::Indices (C++ function)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::IndicesMulti (C++ function)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::Q_END (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::Q_START (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::qEnd_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::qStart_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::READ_QUALITY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::readQual_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::RG_ID (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::rgId_ (C++ member)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::VIRTUAL_OFFSET (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::VirtualFileOffsets (C++ function)
- PacBio::BAM::BasicLookupData::ZMW (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::CCS (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::Cigar (C++ class)
- PacBio::BAM::Cigar::Cigar (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::Cigar::FromStdString (C++ function)
- PacBio::BAM::Cigar::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::Cigar::ToStdString (C++ function)
- PacBio::BAM::Cigar::~Cigar (C++ function)
- PacBio::BAM::CigarOperation (C++ class)
- PacBio::BAM::CigarOperation::Char (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::CigarOperation::CharToType (C++ function)
- PacBio::BAM::CigarOperation::CigarOperation (C++ function), [1], [2], [3], [4]
- PacBio::BAM::CigarOperation::Length (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::CigarOperation::operator!= (C++ function)
- PacBio::BAM::CigarOperation::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::CigarOperation::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::CigarOperation::Type (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::CigarOperation::TypeToChar (C++ function)
- PacBio::BAM::CigarOperation::~CigarOperation (C++ function)
- PacBio::BAM::CigarOperationType (C++ type)
- PacBio::BAM::CLIP_NONE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::CLIP_TO_QUERY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::CLIP_TO_REFERENCE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ClipType (C++ type)
- PacBio::BAM::Compare (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::AlignedEnd (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::AlignedStart (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::AlignedStrand (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::BarcodeForward (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::BarcodeQuality (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::BarcodeReverse (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::Base (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::FullName (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::LocalContextFlag (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::MapQuality (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::MemberFunctionBase (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::MemberFunctionBase::operator() (C++ function)
- PacBio::BAM::Compare::MemberFunctionBaseHelper (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::MemberFunctionBaseHelper<ValueType>::MemberFnType (C++ type)
- PacBio::BAM::Compare::MovieName (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::None (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::None::operator() (C++ function)
- PacBio::BAM::Compare::NumDeletedBases (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::NumInsertedBases (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::NumMatches (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::NumMismatches (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::QueryEnd (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::QueryStart (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::ReadAccuracy (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::ReadGroupId (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::ReadGroupNumericId (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::ReferenceEnd (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::ReferenceId (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::ReferenceName (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::ReferenceStart (C++ class)
- PacBio::BAM::Compare::TypeFromOperator (C++ function)
- PacBio::BAM::Compare::TypeToName (C++ function)
- PacBio::BAM::Compare::TypeToOperator (C++ function)
- PacBio::BAM::Compare::Zmw (C++ class)
- PacBio::BAM::ConsensusAlignmentSet (C++ class)
- PacBio::BAM::ConsensusAlignmentSet::ConsensusAlignmentSet (C++ function)
- PacBio::BAM::ConsensusReadSet (C++ class)
- PacBio::BAM::ConsensusReadSet::ConsensusReadSet (C++ function)
- PacBio::BAM::CONTAINS (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ContigSet (C++ class)
- PacBio::BAM::ContigSet::ContigSet (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet (C++ class)
- PacBio::BAM::DataSet::ALIGNMENT (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DataSet::AllFiles (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::Attribute (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::BamFiles (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::BARCODE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DataSet::CONSENSUS_ALIGNMENT (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DataSet::CONSENSUS_READ (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DataSet::CONTIG (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DataSet::CreatedAt (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::DataSet (C++ function), [1], [2], [3], [4], [5], [6]
- PacBio::BAM::DataSet::Extensions (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::ExternalResources (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::FastaFiles (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::Filters (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::Format (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::FromXml (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::GENERIC (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DataSet::HDF_SUBREAD (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DataSet::Metadata (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::MetaType (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::ModifiedAt (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::Name (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::Namespaces (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::DataSet::NameToType (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::operator+= (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::DataSet::REFERENCE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DataSet::ResolvedResourceIds (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::ResolvePath (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::ResourceId (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::Save (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::SaveToStream (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::SequencingChemistries (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::SubDataSets (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::SUBREAD (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DataSet::Tags (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::TimeStampedName (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::Type (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::DataSet::TypeEnum (C++ type)
- PacBio::BAM::DataSet::TypeName (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::TypeToName (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSet::UniqueId (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::Version (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSet::~DataSet (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSetBase (C++ class)
- PacBio::BAM::DataSetBase::Create (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSetBase::DataSetBase (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::DataSetBase::DeepCopy (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSetBase::ExternalResources (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSetBase::Filters (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSetBase::Metadata (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSetBase::Namespaces (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::DataSetBase::operator+= (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSetBase::SubDataSets (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSetMetadata (C++ class)
- PacBio::BAM::DataSetMetadata::DataSetMetadata (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSetMetadata::NumRecords (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSetMetadata::operator+= (C++ function)
- PacBio::BAM::DataSetMetadata::Provenance (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DataSetMetadata::TotalLength (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::DELETION (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DELETION_QV (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::DELETION_TAG (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::EntireFileQuery (C++ class)
- PacBio::BAM::EntireFileQuery::EntireFileQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::EntireFileQuery::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::EntireFileQuery::~EntireFileQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::EQUAL (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ExtensionElement (C++ class)
- PacBio::BAM::ExtensionElement::ExtensionElement (C++ function)
- PacBio::BAM::Extensions (C++ class)
- PacBio::BAM::Extensions::Extensions (C++ function)
- PacBio::BAM::ExternalResource (C++ class)
- PacBio::BAM::ExternalResource::ExternalResource (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ExternalResource::ExternalResources (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::ExternalResource::ToBamFile (C++ function)
- PacBio::BAM::ExternalResources (C++ class)
- PacBio::BAM::ExternalResources::Add (C++ function)
- PacBio::BAM::ExternalResources::BamFiles (C++ function)
- PacBio::BAM::ExternalResources::ExternalResources (C++ function)
- PacBio::BAM::ExternalResources::operator+= (C++ function)
- PacBio::BAM::ExternalResources::Remove (C++ function)
- PacBio::BAM::FileIndex (C++ class)
- PacBio::BAM::FileIndex::FileIndex (C++ function)
- PacBio::BAM::FileIndices (C++ class)
- PacBio::BAM::FileIndices::Add (C++ function)
- PacBio::BAM::FileIndices::FileIndices (C++ function)
- PacBio::BAM::FileIndices::Remove (C++ function)
- PacBio::BAM::Filter (C++ class)
- PacBio::BAM::Filter::Filter (C++ function)
- PacBio::BAM::Filter::Properties (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::FILTERED (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::Filters (C++ class)
- PacBio::BAM::Filters::Add (C++ function)
- PacBio::BAM::Filters::Filters (C++ function)
- PacBio::BAM::Filters::operator+= (C++ function)
- PacBio::BAM::Filters::Remove (C++ function)
- PacBio::BAM::FLOAT (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::FLOAT_ARRAY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::FORWARD (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::FORWARD_PASS (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::FrameCodec (C++ type)
- PacBio::BAM::FrameEncodingType (C++ type)
- PacBio::BAM::Frames (C++ class)
- PacBio::BAM::Frames::begin (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::Frames::cbegin (C++ function)
- PacBio::BAM::Frames::cend (C++ function)
- PacBio::BAM::Frames::Data (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::Frames::DataRaw (C++ function)
- PacBio::BAM::Frames::Decode (C++ function)
- PacBio::BAM::Frames::empty (C++ function)
- PacBio::BAM::Frames::Encode (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::Frames::end (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::Frames::Frames (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::Frames::operator!= (C++ function)
- PacBio::BAM::Frames::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::Frames::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::Frames::size (C++ function)
- PacBio::BAM::Frames::~Frames (C++ function)
- PacBio::BAM::GENOMIC (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::GenomicInterval (C++ class)
- PacBio::BAM::GenomicInterval::CoveredBy (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicInterval::Covers (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicInterval::GenomicInterval (C++ function), [1], [2], [3], [4]
- PacBio::BAM::GenomicInterval::Intersects (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicInterval::Interval (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::GenomicInterval::IsValid (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicInterval::Length (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicInterval::Name (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::GenomicInterval::operator!= (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicInterval::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::GenomicInterval::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicInterval::Start (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::GenomicInterval::Stop (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::GenomicInterval::~GenomicInterval (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicIntervalCompositeBamReader (C++ class)
- PacBio::BAM::GenomicIntervalCompositeBamReader::GenomicIntervalCompositeBamReader (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::GenomicIntervalCompositeBamReader::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicIntervalCompositeBamReader::Interval (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::GenomicIntervalQuery (C++ class)
- PacBio::BAM::GenomicIntervalQuery::GenomicIntervalQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicIntervalQuery::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::GenomicIntervalQuery::Interval (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::GenomicIntervalQuery::~GenomicIntervalQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::GREATER_THAN (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::GREATER_THAN_EQUAL (C++ enumerator)
|
- PacBio::BAM::HARD_CLIP (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::HdfSubreadSet (C++ class)
- PacBio::BAM::HdfSubreadSet::HdfSubreadSet (C++ function)
- PacBio::BAM::HEX_STRING (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::HQREGION (C++ enumerator), [1]
- PacBio::BAM::HtslibVerbosity (C++ member)
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader (C++ class)
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader::HasSequence (C++ function)
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader::IndexedFastaReader (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader::Name (C++ function)
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader::Names (C++ function)
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader::NumSequences (C++ function)
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader::operator= (C++ function)
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader::ReferenceSubsequence (C++ function)
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader::SequenceLength (C++ function)
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader::Subsequence (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::IndexedFastaReader::~IndexedFastaReader (C++ function)
- PacBio::BAM::IndexResultBlock (C++ class)
- PacBio::BAM::IndexResultBlock::firstIndex_ (C++ member)
- PacBio::BAM::IndexResultBlock::IndexResultBlock (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::IndexResultBlock::numReads_ (C++ member)
- PacBio::BAM::IndexResultBlock::operator!= (C++ function)
- PacBio::BAM::IndexResultBlock::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::IndexResultBlock::virtualOffset_ (C++ member)
- PacBio::BAM::INSERTION (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::INSERTION_QV (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::INT16 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::INT16_ARRAY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::INT32 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::INT32_ARRAY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::INT8 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::INT8_ARRAY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::Interval (C++ class)
- PacBio::BAM::Interval::CoveredBy (C++ function)
- PacBio::BAM::Interval::Covers (C++ function)
- PacBio::BAM::Interval::Intersects (C++ function)
- PacBio::BAM::Interval::Interval (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::Interval::IsValid (C++ function)
- PacBio::BAM::Interval::Length (C++ function)
- PacBio::BAM::Interval::operator!= (C++ function)
- PacBio::BAM::Interval::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::Interval::Start (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::Interval::Stop (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::Interval<T>::interval_type (C++ type)
- PacBio::BAM::INVALID (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException (C++ class)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException::BasecallerVersion (C++ function)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException::basecallerVersion_ (C++ member)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException::BindingKit (C++ function)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException::bindingKit_ (C++ member)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException::InvalidSequencingChemistryException (C++ function)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException::SequencingKit (C++ function)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException::sequencingKit_ (C++ member)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException::what (C++ function)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException::what_ (C++ member)
- PacBio::BAM::InvalidSequencingChemistryException::~InvalidSequencingChemistryException (C++ function)
- PacBio::BAM::IPD (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::LABEL (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::LABEL_QV (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::LESS_THAN (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::LESS_THAN_EQUAL (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::LocalContextFlags (C++ type)
- PacBio::BAM::LOSSLESS (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::LOSSY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::LQREGION (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData (C++ class)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::A_END (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::A_START (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::aEnd_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::aStart_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::Field (C++ type)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::forwardStrand_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::Indices (C++ function)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::IndicesMulti (C++ function)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::MAP_QUALITY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::MappedLookupData (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::MappedLookupData::mapQV_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::N_DEL (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::N_INS (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::N_M (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::N_MM (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::nDel_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::nIns_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::nM_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::nMM_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::reverseStrand_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::STRAND (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::T_END (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::T_ID (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::T_START (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::tEnd_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::tId_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MappedLookupData::tStart_ (C++ member)
- PacBio::BAM::MERGE_QV (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::NamespaceInfo (C++ class)
- PacBio::BAM::NamespaceInfo::Name (C++ function)
- PacBio::BAM::NamespaceInfo::NamespaceInfo (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::NamespaceInfo::Uri (C++ function)
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry (C++ class)
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry::DefaultNamespace (C++ function)
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry::DefaultXsd (C++ function)
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry::Namespace (C++ function)
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry::NamespaceRegistry (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry::Register (C++ function)
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry::SetDefaultXsd (C++ function)
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry::XsdForElement (C++ function)
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry::XsdForUri (C++ function)
- PacBio::BAM::NamespaceRegistry::~NamespaceRegistry (C++ function)
- PacBio::BAM::NATIVE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::NO_LOCAL_CONTEXT (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::NONE (C++ enumerator), [1], [2]
- PacBio::BAM::NOT_CONTAINS (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::NOT_EQUAL (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::OrderedLookup (C++ class)
- PacBio::BAM::OrderedLookup::begin (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::OrderedLookup::cbegin (C++ function)
- PacBio::BAM::OrderedLookup::cend (C++ function)
- PacBio::BAM::OrderedLookup::empty (C++ function)
- PacBio::BAM::OrderedLookup::end (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::OrderedLookup::LookupIndices (C++ function)
- PacBio::BAM::OrderedLookup::operator!= (C++ function)
- PacBio::BAM::OrderedLookup::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::OrderedLookup::OrderedLookup (C++ function), [1], [2], [3], [4]
- PacBio::BAM::OrderedLookup::size (C++ function)
- PacBio::BAM::OrderedLookup::Unpack (C++ function)
- PacBio::BAM::OrderedLookup<T>::const_iterator (C++ type)
- PacBio::BAM::OrderedLookup<T>::container_type (C++ type)
- PacBio::BAM::OrderedLookup<T>::iterator (C++ type)
- PacBio::BAM::OrderedLookup<T>::key_type (C++ type)
- PacBio::BAM::OrderedLookup<T>::value_type (C++ type)
- PacBio::BAM::Orientation (C++ type)
- PacBio::BAM::PADDING (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ParentTool (C++ class)
- PacBio::BAM::ParentTool::ParentTool (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiAlignedEndFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiAlignedEndFilter::PbiAlignedEndFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiAlignedLengthFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiAlignedLengthFilter::Accepts (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiAlignedLengthFilter::PbiAlignedLengthFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiAlignedStartFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiAlignedStartFilter::PbiAlignedStartFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiAlignedStrandFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiAlignedStrandFilter::PbiAlignedStrandFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiBarcodeFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiBarcodeFilter::Accepts (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiBarcodeFilter::compositeFilter_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiBarcodeFilter::PbiBarcodeFilter (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PbiBarcodeForwardFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiBarcodeForwardFilter::PbiBarcodeForwardFilter (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PbiBarcodeQualityFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiBarcodeQualityFilter::PbiBarcodeQualityFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiBarcodeReverseFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiBarcodeReverseFilter::PbiBarcodeReverseFilter (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PbiBarcodesFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiBarcodesFilter::Accepts (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiBarcodesFilter::compositeFilter_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiBarcodesFilter::PbiBarcodesFilter (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiBuilder (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::AddRecord (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::BestCompression (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::Close (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel_0 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel_1 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel_2 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel_3 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel_4 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel_5 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel_6 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel_7 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel_8 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::CompressionLevel_9 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::DefaultCompression (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::FastCompression (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::NoCompression (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiBuilder::PbiBuilder (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PbiBuilder::~PbiBuilder (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFile::ALL (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiFile::BARCODE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiFile::BASIC (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiFile::CurrentVersion (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiFile::MAPPED (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiFile::REFERENCE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiFile::Section (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiFile::Version_3_0_0 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiFile::Version_3_0_1 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiFile::VersionEnum (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiFilter::Accepts (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFilter::Add (C++ function), [1], [2], [3], [4], [5]
- PacBio::BAM::PbiFilter::CompositionType (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiFilter::FromDataSet (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFilter::INTERSECT (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiFilter::Intersection (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiFilter::IsEmpty (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFilter::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiFilter::PbiFilter (C++ function), [1], [2], [3], [4], [5], [6]
- PacBio::BAM::PbiFilter::UNION (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PbiFilter::Union (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiFilter::~PbiFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFilterCompositeBamReader (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiFilterCompositeBamReader::Filter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFilterCompositeBamReader::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFilterCompositeBamReader::NumReads (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFilterCompositeBamReader::PbiFilterCompositeBamReader (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PbiFilterCompositeBamReader<OrderByType>::const_iterator (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiFilterCompositeBamReader<OrderByType>::container_type (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiFilterCompositeBamReader<OrderByType>::iterator (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiFilterCompositeBamReader<OrderByType>::merge_sorter_type (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiFilterCompositeBamReader<OrderByType>::value_type (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiFilterQuery (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiFilterQuery::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFilterQuery::NumReads (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFilterQuery::PbiFilterQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiFilterQuery::~PbiFilterQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIdentityFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiIdentityFilter::Accepts (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIdentityFilter::PbiIdentityFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiIndex::BarcodeData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::BasicData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::Filename (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::FileSections (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::HasBarcodeData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::HasMappedData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::HasReferenceData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::HasSection (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::MappedData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::NumReads (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiIndex::PbiIndex (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PbiIndex::ReferenceData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::Version (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndex::~PbiIndex (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndexedBamReader (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiIndexedBamReader::Filter (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiIndexedBamReader::NumReads (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndexedBamReader::PbiIndexedBamReader (C++ function), [1], [2], [3], [4], [5]
- PacBio::BAM::PbiIndexedBamReader::ReadRawData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiIndexedBamReader::~PbiIndexedBamReader (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiLocalContextFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiLocalContextFilter::PbiLocalContextFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiMapQualityFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiMapQualityFilter::PbiMapQualityFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiMovieNameFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiMovieNameFilter::Accepts (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiMovieNameFilter::compositeFilter_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiMovieNameFilter::PbiMovieNameFilter (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PbiNumDeletedBasesFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiNumDeletedBasesFilter::PbiNumDeletedBasesFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiNumInsertedBasesFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiNumInsertedBasesFilter::PbiNumInsertedBasesFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiNumMatchesFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiNumMatchesFilter::PbiNumMatchesFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiNumMismatchesFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiNumMismatchesFilter::PbiNumMismatchesFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiQueryEndFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiQueryEndFilter::PbiQueryEndFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiQueryLengthFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiQueryLengthFilter::Accepts (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiQueryLengthFilter::PbiQueryLengthFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiQueryNameFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiQueryNameFilter::Accepts (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiQueryNameFilter::d_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiQueryNameFilter::PbiQueryNameFilter (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PbiQueryNameFilter::~PbiQueryNameFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiQueryStartFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiQueryStartFilter::PbiQueryStartFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawBarcodeData (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiRawBarcodeData::AddRecord (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawBarcodeData::bcForward_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawBarcodeData::bcQual_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawBarcodeData::bcReverse_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawBarcodeData::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawBarcodeData::PbiRawBarcodeData (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::AddRecord (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::ctxtFlag_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::fileNumber_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::fileOffset_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::holeNumber_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::PbiRawBasicData (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::qEnd_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::qStart_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::readQual_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawBasicData::rgId_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawData (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiRawData::BarcodeData (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawData::BasicData (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawData::Filename (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawData::FileSections (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawData::HasBarcodeData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawData::HasMappedData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawData::HasReferenceData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawData::HasSection (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawData::MappedData (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawData::NumReads (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawData::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawData::PbiRawData (C++ function), [1], [2], [3], [4]
- PacBio::BAM::PbiRawData::ReferenceData (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawData::Version (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawData::~PbiRawData (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::AddRecord (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::aEnd_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::aStart_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::mapQV_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::nM_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::nMM_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::NumDeletedAndInsertedBasesAt (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::NumDeletedBasesAt (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::NumInsertedBasesAt (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::PbiRawMappedData (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::revStrand_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::tEnd_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::tId_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawMappedData::tStart_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawReferenceData (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiRawReferenceData::entries_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiRawReferenceData::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiRawReferenceData::PbiRawReferenceData (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::PbiReadAccuracyFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiReadAccuracyFilter::PbiReadAccuracyFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiReadGroupFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiReadGroupFilter::PbiReadGroupFilter (C++ function), [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7], [8]
- PacBio::BAM::PbiReferenceEndFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiReferenceEndFilter::PbiReferenceEndFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry::beginRow_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry::endRow_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry::ID (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry::PbiReferenceEntry (C++ function), [1], [2], [3], [4]
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry::Row (C++ type)
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry::tId_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry::UNMAPPED_ID (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiReferenceEntry::UNSET_ROW (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiReferenceIdFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiReferenceIdFilter::PbiReferenceIdFilter (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PbiReferenceNameFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiReferenceNameFilter::Accepts (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiReferenceNameFilter::cmp_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiReferenceNameFilter::Initialize (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiReferenceNameFilter::initialized_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiReferenceNameFilter::PbiReferenceNameFilter (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PbiReferenceNameFilter::rname_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiReferenceNameFilter::rnameWhitelist_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiReferenceNameFilter::subFilter_ (C++ member)
- PacBio::BAM::PbiReferenceStartFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiReferenceStartFilter::PbiReferenceStartFilter (C++ function)
- PacBio::BAM::PbiZmwFilter (C++ class)
- PacBio::BAM::PbiZmwFilter::PbiZmwFilter (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::PKMEAN (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PKMEAN2 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PKMID (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PKMID2 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::POLYMERASE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::Position (C++ type)
- PacBio::BAM::PRE_PULSE_FRAMES (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PROBABILITY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ProgramInfo (C++ class)
- PacBio::BAM::ProgramInfo::CommandLine (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ProgramInfo::CustomTags (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ProgramInfo::Description (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ProgramInfo::FromSam (C++ function)
- PacBio::BAM::ProgramInfo::Id (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ProgramInfo::IsValid (C++ function)
- PacBio::BAM::ProgramInfo::Name (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ProgramInfo::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ProgramInfo::PreviousProgramId (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ProgramInfo::ProgramInfo (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::ProgramInfo::ToSam (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ProgramInfo::Version (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ProgramInfo::~ProgramInfo (C++ function)
- PacBio::BAM::PULSE_CALL (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PULSE_CALL_WIDTH (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PULSE_EXCLUSION (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PULSE_MERGE_QV (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::PULSE_WIDTH (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::QNameQuery (C++ class)
- PacBio::BAM::QNameQuery::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::QNameQuery::QNameQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::QNameQuery::~QNameQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValue (C++ class)
- PacBio::BAM::QualityValue::Fastq (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValue::FromFastq (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValue::MAX (C++ member)
- PacBio::BAM::QualityValue::operator uint8_t (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValue::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::QualityValue::QualityValue (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::QualityValue::~QualityValue (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValues (C++ class)
- PacBio::BAM::QualityValues::begin (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::QualityValues::cbegin (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValues::cend (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValues::end (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::QualityValues::Fastq (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValues::FromFastq (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValues::operator!= (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValues::operator= (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::QualityValues::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::QualityValues::QualityValues (C++ function), [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7], [8]
- PacBio::BAM::QualityValues::~QualityValues (C++ function)
- PacBio::BAM::RAW (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ReadAccuracyQuery (C++ class)
- PacBio::BAM::ReadAccuracyQuery::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadAccuracyQuery::NumReads (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadAccuracyQuery::ReadAccuracyQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadAccuracyQuery::~ReadAccuracyQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo (C++ class)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::BarcodeCount (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::BarcodeData (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::BarcodeFile (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::BarcodeHash (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::BarcodeMode (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::BarcodeQuality (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::BasecallerVersion (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::BaseFeatureTag (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::BindingKit (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::ClearBarcodeData (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::ClearBaseFeatures (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::Control (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::CustomTags (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::Date (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::FlowOrder (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::FrameRateHz (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::FromSam (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::HasBarcodeData (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::HasBaseFeature (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::Id (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::IdToInt (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::IntToId (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::IpdCodec (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::IsValid (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::KeySequence (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::Library (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::MovieName (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::Platform (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::PlatformModel (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::PredictedInsertSize (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::Programs (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::PulseWidthCodec (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::ReadGroupInfo (C++ function), [1], [2], [3], [4], [5]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::ReadType (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::RemoveBaseFeature (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::Sample (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::SequencingCenter (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::SequencingChemistry (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::SequencingChemistryFromTriple (C++ function)
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::SequencingKit (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::ToSam (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReadGroupInfo::~ReadGroupInfo (C++ function)
- PacBio::BAM::RecordType (C++ type)
- PacBio::BAM::REFERENCE_SKIP (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ReferenceLookupData (C++ class)
- PacBio::BAM::ReferenceLookupData::Indices (C++ function)
- PacBio::BAM::ReferenceLookupData::ReferenceLookupData (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::ReferenceLookupData::references_ (C++ member)
- PacBio::BAM::ReferenceSet (C++ class)
- PacBio::BAM::ReferenceSet::ReferenceSet (C++ function)
- PacBio::BAM::REVERSE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::REVERSE_PASS (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::SamTagCodec (C++ class)
- PacBio::BAM::SamTagCodec::Decode (C++ function)
- PacBio::BAM::SamTagCodec::Encode (C++ function)
- PacBio::BAM::SCORE (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::SCRAP (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::SEQUENCE_MATCH (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::SEQUENCE_MISMATCH (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::SequenceInfo (C++ class)
- PacBio::BAM::SequenceInfo::AssemblyId (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::SequenceInfo::Checksum (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::SequenceInfo::CustomTags (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::SequenceInfo::FromSam (C++ function)
- PacBio::BAM::SequenceInfo::IsValid (C++ function)
- PacBio::BAM::SequenceInfo::Length (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::SequenceInfo::Name (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::SequenceInfo::operator!= (C++ function)
- PacBio::BAM::SequenceInfo::operator= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::SequenceInfo::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::SequenceInfo::SequenceInfo (C++ function), [1], [2], [3]
- PacBio::BAM::SequenceInfo::Species (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::SequenceInfo::ToSam (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::SequenceInfo::Uri (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::SequenceInfo::~SequenceInfo (C++ function)
- PacBio::BAM::SequentialCompositeBamReader (C++ class)
- PacBio::BAM::SequentialCompositeBamReader::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::SequentialCompositeBamReader::SequentialCompositeBamReader (C++ function), [1], [2]
- PacBio::BAM::SOFT_CLIP (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::START_FRAME (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::Strand (C++ type)
- PacBio::BAM::STRING (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::SubDataSets (C++ class)
- PacBio::BAM::SubDataSets::Add (C++ function)
- PacBio::BAM::SubDataSets::operator+= (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::SubDataSets::Remove (C++ function)
- PacBio::BAM::SubDataSets::SubDataSets (C++ function)
- PacBio::BAM::SUBREAD (C++ enumerator), [1]
- PacBio::BAM::SubreadLengthQuery (C++ class)
- PacBio::BAM::SubreadLengthQuery::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::SubreadLengthQuery::NumReads (C++ function)
- PacBio::BAM::SubreadLengthQuery::SubreadLengthQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::SubreadLengthQuery::~SubreadLengthQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::SubreadSet (C++ class)
- PacBio::BAM::SubreadSet::SubreadSet (C++ function)
- PacBio::BAM::SUBSTITUTION_QV (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::SUBSTITUTION_TAG (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::SYMMETRIC (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::Tag (C++ class)
- PacBio::BAM::Tag::HasModifier (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsArray (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsFloat (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsFloatArray (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsHexString (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsInt16 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsInt16Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsInt32 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsInt32Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsInt8 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsInt8Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsIntegral (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsIntegralArray (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsNull (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsNumeric (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsSignedArray (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsSignedInt (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsString (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsUInt16 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsUInt16Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsUInt32 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsUInt32Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsUInt8 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsUInt8Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsUnsignedArray (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::IsUnsignedInt (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::Modifier (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::Tag::operator!= (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::operator= (C++ function), [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], [14], [15], [16], [17]
- PacBio::BAM::Tag::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::Tag (C++ function), [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], [14], [15], [16], [17], [18], [19]
- PacBio::BAM::Tag::ToAscii (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToFloat (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToFloatArray (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToInt16 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToInt16Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToInt32 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToInt32Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToInt8 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToInt8Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToString (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToUInt16 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToUInt16Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToUInt32 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToUInt32Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToUInt8 (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::ToUInt8Array (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::Type (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::Typename (C++ function)
- PacBio::BAM::Tag::~Tag (C++ function)
- PacBio::BAM::TagCollection (C++ class)
- PacBio::BAM::TagCollection::Contains (C++ function)
- PacBio::BAM::TagDataType (C++ type)
- PacBio::BAM::TagModifier (C++ type)
- PacBio::BAM::TAILED (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::Type (C++ type)
- PacBio::BAM::UINT16 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::UINT16_ARRAY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::UINT32 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::UINT32_ARRAY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::UINT8 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::UINT8_ARRAY (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::UNKNOWN (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::UNKNOWN_OP (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::UnmappedPosition (C++ member)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup (C++ class)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::begin (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::cbegin (C++ function)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::cend (C++ function)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::empty (C++ function)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::end (C++ function), [1]
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::LookupIndices (C++ function)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::operator!= (C++ function)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::operator== (C++ function)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::size (C++ function)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::UnorderedLookup (C++ function), [1], [2], [3], [4]
- PacBio::BAM::UnorderedLookup::Unpack (C++ function)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup<T>::const_iterator (C++ type)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup<T>::container_type (C++ type)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup<T>::iterator (C++ type)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup<T>::key_type (C++ type)
- PacBio::BAM::UnorderedLookup<T>::value_type (C++ type)
- PacBio::BAM::V1 (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::VirtualRegionType (C++ type)
- PacBio::BAM::VirtualRegionTypeMap (C++ class)
- PacBio::BAM::VirtualRegionTypeMap::ParseChar (C++ member)
- PacBio::BAM::ZMW (C++ enumerator)
- PacBio::BAM::ZmwGroupQuery (C++ class)
- PacBio::BAM::ZmwGroupQuery::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::ZmwGroupQuery::ZmwGroupQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::ZmwGroupQuery::~ZmwGroupQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::ZmwQuery (C++ class)
- PacBio::BAM::ZmwQuery::GetNext (C++ function)
- PacBio::BAM::ZmwQuery::ZmwQuery (C++ function)
- PacBio::BAM::ZmwQuery::~ZmwQuery (C++ function)
- PBBAM_EXPORT (C macro)
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